در نیمه دوم سده چهارم هجری و در اوضاع آشفته و توأم با رقابت فاطمیان و عباسیان، سادات حسنی در مکه مکرمه و سادات حسینی در مدینه منوره موفق شدند بر امارت این دو کانون مقدس دست یابند. در دهه‌های نخستین حکومت شرفا، امارت آنان بیشتر تحت نفوذ فاطمیان و با سقوط آنان، ایوبیان و پس از آنان دولت ممالیک در مصر و شام و عثمانی بر حرمین بود؛ شرفا با خواندن خطبه به نام سلاطین این سلسله‌ها، خود را تابع آنها می‌دانستند. این دولت‌ها با توجه به حرمت شرفا و نفوذ معنوی ایشان در حجاز، امارت ایشان را تأیید می‌کردند؛ در ضمن برای نفوذ بیشتر دراین دو شهر مقدس، به عنوان دو مرکز و پایتخت معنوی جهان اسلام، و کاستن از نفوذ رقبای خود، در ارسال کمک به شرفا و حجاج و ساکنان حرمین تلاش وافر داشتند.