منطق پاسخ‌دهی قرآن به ساخت و اجرای مدل فرضيه‌سازی و نظريه‌پردازی دربارة روش قرآن کريم در پاسخ‌دهی به شبهات و تعـامل با شبهه‌گران می‌پردازد. مبـاحث اصلی عبـارت‌اند از: 1. مدل مفهومی اقسام ابراز شبهه و پاسخ‌دهی به شبهات و نيز تعامل با شبهه‌گران؛ 2. مدلِ کلی دستيابی به نظريات روش‌شناسی در قرآن؛ 3. مدلِ استخراج و تحليل مستندات قرآنی که شناسه تحليل داده‌ها را شکل می‌دهد. از تحليل داده‌ها به گزاره‌هايی قابل تعميم يعنی فرضيه‌های روش‌شناسی می‌رسيم. فرضيه‌هايی که دست‌کم با دو دادة قرآنی تأييد شوند، نظريه‌های روش‌شناسی را رقم می‌زنند.
مدل کلی ارائه‌شده بر دستيابی به همة داده‌های قرآنی و تعيين نسبت ميان همة آنها تأکيد دارد. اين مدل برای هر پژوهش منتج به نظرية روش‌شناسی قرآن کريم پيشنهاد می‌شود، هرچند لازم است مدل و شناسة تحليل مستندات هر مسئله متناسب با همان مسئله بازآفرينی شود.